1985年，为加强实验室人力和资源的专管、共用，进行了实验室体制改革，成立航海实验中心，1990年，被评为交通部实验教学先进集体，在交通部院校推广实验中心管理体制。
1992年以来，为国内外的航海院校、部队、企事业单位，先后提供了70多套各种类型的航海模拟器系统和20多套各种类型的轮机模拟器系统，填补了我国大型船舶操纵模拟器和轮机模拟器制造的空白，结束了在这个领域长期依赖进口的局面。促进了我国航海教育事业的发展。我校自主建成航海模拟器系统和轮机模拟器系统后，有世界海事大学、日本神户大学、英国Hull大学、武汉理工大学、集美大学等几十所国内学校和非洲十国航海院校校长来观摩学习，在2008年10月18日新校落成典礼上接待了数十批次国内外来宾，得到了广泛的好评。其中武汉理工大学、上海海洋大学、集美大学、解放军理工大学等近30所高校使用了我校提供的航海模拟器系统，江苏科技大学、浙江交通职业技术学院、江苏海事职业技术学院、南通航运职业技术学院、天津航海学院、福州海员学校、安徽交通职业技术学院、上海海事职业技术学院、上海科技管理学校等国内多所学校使用了我校提供的轮机模拟器系统，彰显上海海事大学对国内航海院校的辐射作用。
2005年以来，完成了200多项港航工程可行性模拟论证和海事分析项目，在国内有很高的知名度。目前，由本实验中心提供的港航工程可行性模拟论证和海事分析已经成为该行业在该领域的权威，为国家和社会带来了巨大的经济效益。