1959年交通部在上海组建上海海运学院，航海系、轮机系孕育而生。1995年4月，因学校进行教学资源优化与改革，将原航海系、轮机系合并成立了商船学院。学院经过二十多年的发展，现设有院办公室、航海技术系、轮机工程系、学生工作部、资料室等教学运行机构。同时还设有国家级实验教学示范中心、国家级虚拟仿真实验教学中心、航运仿真技术教育部工程研究中心、上海海事司法鉴定中心、航海科学研究所、中法联合伽利略系统与海上安全智能交通研究所、上海海事大学国际海事研究中心、上海海事大学-挪威船级社国际合作中心、上海海事大学海洋环境风险研究与评估中心、船舶控制工程研究所、中华人民共和国海事调查实验室等教学协作与科研学术机构。学院各部门科室设置具体情况，请参见下表。

目前，学院有载运工具运用工程、交通信息工程及控制、轮机工程3个博士点；船舶与海洋工程、动力工程及热物理2个一级学科硕士点，载运工具运用工程、轮机工程、交通信息工程及控制、制冷与低温工程等7个二级学科硕士点，船舶与海洋工程、交通运输工程2个工程硕士点；航海技术、轮机工程、船舶电子电气工程、能源与动力工程4个本科专业。其中，航海技术和轮机工程为国家级特色专业建设点和上海市本科教育高地。同时，载运工具运用工程为上海市重点学科，轮机工程为上海市教委重点学科。

航海类特色专业招收与培养保持长期稳定。学院每年招收航海技术专业本科生10个班（每班约35人，以下同）、轮机工程专业本科生8个班、船舶电子电气工程专业2个班，能源与动力工程专业3个班。

2016年底学院有教职工232人，其中专职教师161人、实验员39人、思政教师13人、行政人员9人、专职科研和研究中心等机构人员10人。在专职教师中教授28人、副教授54人，高级工程师或高级实验师5人；具有博士学位72人，具有硕士学位及在读博士生140余人；持有海船船长证书25人，大副证书8人，轮机长证书12人，大管轮证书4人。

商船学院国际交流与合作项目日益扩大和深入，极大促进了学院的国际化办学水平。近年来，有来自IMO（国际海事组织）、美国麻省海事学院、美国圣地亚哥海事学院等不同国家的外籍专家、教师来院进行短期讲学；目前，学院与美国麻省海事学院、丹麦哥本哈根轮机工程学院、日本东京海洋大学、台湾海洋大学、韩国木浦海洋大学等知名院校建立了良好的定期互派各类专业的国际交流留学生互访、学习的稳定合作关系。